Avogadro est un logiciel permettant d’importer des fichiers specifiques à la chimie. Il est utilisé dans de nombreux domaines scientifiques, comme la chimie numérique, la modélisation moléculaire, et la science des matériaux. Ce logiciel aussi bien apprécié des étudiants que des chimistes expérimentés. Un des avantages clés de ce logiciel, c’est qu’il offre une bonne qualité de rendu, ainsi que des outils d’éditions pratiques pour travailler sur les molécules.
https://avogadro.cc/
https://molview.org/
MolView est un logiciel pour la chimie, possédant une interface un peu différente des autres suites logiciels mentionnées jusqu’ici. La principale différence est que ce logiciel est une application web, disponible en ligne. C’est un programme très facile à utiliser, même si vous n’avez pas de précédentes expériences en modélisation 3D.
Ce logiciel open source peut aussi bien être utilisé comme éditeur moléculaire que comme outil de visualisation 3D. En tant qu’utilisateur, vous êtes autorisé à importer des molécules en provenance de bases de données telles que PubChem, RCSB Protein Data Bank et Crystallography.
Avec MolView, outre la création de formules, vous pouvez aussi l’utiliser pour le phage display, la modélisation ou la simulation d’assemblage de protéines par exemple. Il est également possible d’exporter de nombreuses données au format PNG ou JCAMP.
Chemical Structure Representation Toolkit
https://chemaxon.com/products/chemical-structure-representation-toolkit
Canonicalization and correction of chemical structures
Adding new compounds to an existing chemical database always raises the issue of uniqueness and correctness. When registering a new item, migrating legacy data or uploading a set of compounds to a database; the new entries have to fulfill certain requirements. Chemical structures can be represented in many different ways. These differences affect not only the graphic appearance of the molecules, but can influence more fundamental details of the topology, making compound identification even more problematic. Obviously structural mistakes and errors have to be addressed too.
ChemAxon's chemical structure representation toolkit has two major components: Standardizer, transforming chemical structures into customized, canonical representations; and Structure Checker, offering numerous checkers and fixers to search and correct various structural issues.
Dessiner des structures moléculaires en 2D ou 3D
https://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/index.php
ChemSketch (ou connu aussi sous le nom de ACD/ChemSketch) permet de contruire et de dessiner les structures de toutes les formules chimiques possibles pour faciliter l'apprentissage. Gratuit, un outil indispensable pour les étudiants et les scientifiques.
L'interface de ChemSketch permet de présenter des compositions chimiques claires. Ainsi, on peut expliquer visuellement l'interaction des différentes structures organiques et inorganiques.
ChemSketch dispose de plusieurs outils de dessin en 2D ou 3D. La visualisation en trois dimensions peut se présenter sous la forme compacte ou éclaté et peut s'intégrer à une page web. Des raccourcis vous font à toutes les informations du tableau périodique des éléments. Des templates vous facilitent la tâche pour une construction rapide de vos compositions.
ChemSketch calcule aussi des propriétés macroscopiques : formule, masse molaire, composition massique... Il manipule simultanément des structures, du texte et des graphiques, qui peuvent être transférés grâce au mécanisme OLE ou par copier/coller.
La dernière version de ChemSketch est capable de générer automatiquement le nom d'une molécule. De plus, certains formats d’enregistrement permettent de manipuler des modèles moléculaires de manière interactive sur un ordinateur grâce à la souris.
La prise en main du logiciel peut paraître ardue au premier abord. Tout en anglais, les chimistes devraient néanmoins vite y trouver leur bonheur dans les multiples fonctionnalités de ChemSketch.
