samedi 29 et dimanche 30 janvier, école des cadres et stages jeunes à Manom avec Jean-Pierre Pigeau ;
dimanche 30 janvier, formation 1er/2e dan à Laxou – affiche à venir ;
samedi 5 et dimanche 6 février, école des cadres à Lunéville avec Jacques Bonemaison – affiche à venir ;
samedi 12 février, examens 1er/2e dan à Épinal.
Nous rappelons que toutes ces actions sont soumises au protocole sanitaire en vigueur à la date de chaque action. Comme vous le savez ces consignes évoluent fréquemment, c'est pourquoi nous devons vous demander de suivre l'actualité et prendre les mesures adaptées à votre situation individuelle avant de vous rendre sur les lieux des manifestations.
Ce logiciel open source peut aussi bien être utilisé comme éditeur moléculaire que comme outil de visualisation 3D. En tant qu’utilisateur, vous êtes autorisé à importer des molécules en provenance de bases de données telles que PubChem, RCSB Protein Data Bank et Crystallography.
Avec MolView, outre la création de formules, vous pouvez aussi l’utiliser pour le phage display, la modélisation ou la simulation d’assemblage de protéines par exemple. Il est également possible d’exporter de nombreuses données au format PNG ou JCAMP.
Extension pour chromium, brave ou vivaldi : https://chrome.google.com/webstore/detail/molview/nogcacamdkipgkfpfiakaoamdnihinnm?hl=fr
gabedit est une interface graphique aux différents logiciels de calcul dans le domaine de la chimie.
Gabedit est une interface graphique pour les logiciels de chimie quantique, qui en sont en général dépourvus. Ces programmes sont, par exemple, Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem.
Gabedit peut permettre de visualiser une grande variété de résultats issus de calculs quantiques et apporte une aide précieuse quand à la manipulation des différents formats de fichiers utilisés en chimie quantique.
Son constructeur de molécules (Molecule Builder) permet de rapidement dessiner une molécule et de l'examiner en 3D. Gabedit permet aussi d'éffectuer une recherche de conformations en utilisant un potentiel de type mécanique moléculaire ou semi-empirique. Il fournit également la possibilité d'exporter l'ensemble de ces données dans une large gamme de formats.
Gabedit peut créer des fichiers d'entrée pour Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem. Après création du fichier d'entrée, Gabedit peut lancer le calcul, en utilisant l'un des 9 logiciels cités ci-dessus, sur la machine locale (Windows, Linux, ou Unix) mais aussi sur une machine serveur (Cluster, centre de calcul, ...)
The current stable version of gabedit is 2.5.1
(update : July 27, 2021)
The source files for all systems(tar.gz file) : Download
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. (more details...)
Download VMD:
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. Visit the VMD website for complete information and documentation.
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Version 1.9.4 LATEST ALPHA (2021-10-19) Platforms:
ACD/ChemSketch Freeware is a drawing package that allows you to draw chemical structures including organics, organometallics, polymers, and Markush structures. It also includes features such as calculation of molecular properties (e.g., molecular weight, density, molar refractivity etc.), 2D and 3D structure cleaning and viewing, functionality for naming structures (fewer than 50 atoms and 3 rings), and prediction of logP. The freeware version of ChemSketch does not include all of the functionality of the commercial version. VisitACD/ChemSketchto learn more about the commercial version.
As an Educational Tool
ACD/Labs software aids in teaching key chemistry concepts to high school, undergraduate, and graduate chemistry students. In addition, students benefit from exposure in the learning environment to the same tools they will encounter in the workforce.
Our Academic Site Licensing Program is a convenient way for qualifying academic institutions to make the freeware version of ACD/ChemSketch available to their students and faculty.
Free access to site licenses of ACD/ChemSketch Freeware are available. Contact us to learn more.
Freeware Version
Free for personal and academic use.
Commercial Version: 30-Day Trial
Try the full version (or buy online) for commercial and government use.
ChemAxon est un logiciel permettant de représenter des structures chimiques. Ce logiciel a deux grandes fonctions, situées dans deux applications différentes. La première est appelée « Standardizer », et vous aidera à convertir vos structures chimiques en représentions 3D moléculaires. En plus des actions prédéfinies proposées par cette fonctionnalité, l’utilisateur est libre d’en ajouter de nouvelles par lui-même. L’autre fonction clé de ce logiciel est appelée « Structure Checker ». Elle offre la possibilité d’éditer et de modifier tout problèmes que vous pourriez avoir avec la structure moléculaire. Ce logiciel propose des solutions automatiquement, une fois le problème repéré.
“Structure Checker” est très utile, permettant de trouver les données incorrectes, notamment lorsqu’une molécule est ajoutée dans l’espace de dessin.
Cette application est principalement destinée aux professeurs, elle permet d'éditer et plus précisément de corriger des copies PDF.
Elle est basée sur un système d'édition rapide des documents PDF. L'édition peut être sauvée pour reprendre le travail plus tard. Lorsque les éditions sont terminées, le document peut être exporté sous la forme d'un nouveau fichier PDF. Les éditions sont composées de plusieurs éléments : Les commentaires (Texte), les Notes et les formes géométriques (Carrés, ronds, etc.)
Vous pouvez définir un barème pour une série de copies puis entrer les notes dans chaque copie. La somme des notes se calcule automatiquement. Une fois terminé, vous pouvez exporter les notes d'une ou plusieurs copies dans un ou plusieurs tableaux CSV (Tableaux de donnés formatable par des applications tels que LibreOffice Calc ou Excel).
Il est possible de convertir des images en documents PDF et d’éditer les pages des documents (rotation, position...) avec des boutons situés au pied de chaque page.
PDF4Teachers est conforme au RGPD de l'Union européenne : toutes les éditions et fichiers exportés sont stockés en local, les seuls accès réseaux de l'application concernent la vérification des mises à jour.
Prévisualisation de l'interface :
Convertissez
PDF4Teachers vous offre des fonctions de conversion de lots d'images en documents PDF. Il est aussi possible d'insérer, tourner et déplacer les pages d'un document.
Éditez
Ne retapez plus les mêmes annotations plusieurs fois grâce aux fonctionnalités d'historique et de favoris. Le système de barème et d'ajout de points permet la notation chiffrée dans le document.
Exportez
Une fois le travail terminé, regénérez les fichiers PDF des copies corrigées et exportez en un clic les notes de vos élèves dans un tableur.
Mise à jour le Samedi, 01 Mai 2021 17:48
Logiciel de modélisation moléculaire #3:
Mercredi, 09 Décembre 2020 06:19
Administrateur
Avogadro est un logiciel permettant d’importer des fichiers specifiques à la chimie. Il est utilisé dans de nombreux domaines scientifiques, comme la chimie numérique, la modélisation moléculaire, et la science des matériaux. Ce logiciel aussi bien apprécié des étudiants que des chimistes expérimentés. Un des avantages clés de ce logiciel, c’est qu’il offre une bonne qualité de rendu, ainsi que des outils d’éditions pratiques pour travailler sur les molécules.
MolView est un logiciel pour la chimie, possédant une interface un peu différente des autres suites logiciels mentionnées jusqu’ici. La principale différence est que ce logiciel est une application web, disponible en ligne. C’est un programme très facile à utiliser, même si vous n’avez pas de précédentes expériences en modélisation 3D.
Ce logiciel open source peut aussi bien être utilisé comme éditeur moléculaire que comme outil de visualisation 3D. En tant qu’utilisateur, vous êtes autorisé à importer des molécules en provenance de bases de données telles que PubChem, RCSB Protein Data Bank et Crystallography.
Avec MolView, outre la création de formules, vous pouvez aussi l’utiliser pour le phage display, la modélisation ou la simulation d’assemblage de protéines par exemple. Il est également possible d’exporter de nombreuses données au format PNG ou JCAMP.
Canonicalization and correction of chemical structures
Adding new compounds to an existing chemical database always raises the issue of uniqueness and correctness. When registering a new item, migrating legacy data or uploading a set of compounds to a database; the new entries have to fulfill certain requirements. Chemical structures can be represented in many different ways. These differences affect not only the graphic appearance of the molecules, but can influence more fundamental details of the topology, making compound identification even more problematic. Obviously structural mistakes and errors have to be addressed too.
ChemAxon's chemical structure representation toolkit has two major components: Standardizer, transforming chemical structures into customized, canonical representations; and Structure Checker, offering numerous checkers and fixers to search and correct various structural issues.
ChemSketch (ou connu aussi sous le nom de ACD/ChemSketch) permet de contruire et de dessiner les structures de toutes les formules chimiques possibles pour faciliter l'apprentissage. Gratuit, un outil indispensable pour les étudiants et les scientifiques.
L'interface de ChemSketch permet de présenter des compositions chimiques claires. Ainsi, on peut expliquer visuellement l'interaction des différentes structures organiques et inorganiques.
ChemSketch dispose de plusieurs outils de dessin en 2D ou 3D. La visualisation en trois dimensions peut se présenter sous la forme compacte ou éclaté et peut s'intégrer à une page web. Des raccourcis vous font à toutes les informations du tableau périodique des éléments. Des templates vous facilitent la tâche pour une construction rapide de vos compositions.
ChemSketch calcule aussi des propriétés macroscopiques : formule, masse molaire, composition massique... Il manipule simultanément des structures, du texte et des graphiques, qui peuvent être transférés grâce au mécanisme OLE ou par copier/coller.
La dernière version de ChemSketch est capable de générer automatiquement le nom d'une molécule. De plus, certains formats d’enregistrement permettent de manipuler des modèles moléculaires de manière interactive sur un ordinateur grâce à la souris.
La prise en main du logiciel peut paraître ardue au premier abord. Tout en anglais, les chimistes devraient néanmoins vite y trouver leur bonheur dans les multiples fonctionnalités de ChemSketch.
