Aide à la Physique Chimie au Lycée

avogadro https://avogadro.cc/

Téléchargement :https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download

 

MolView est un logiciel 3D pour la chimie en ligne . https://molview.org/

Ce logiciel open source peut aussi bien être utilisé comme éditeur moléculaire que comme outil de visualisation 3D. En tant qu’utilisateur, vous êtes autorisé à importer des molécules en provenance de bases de données telles que PubChem, RCSB Protein Data Bank et Crystallography.

Avec MolView, outre la création de formules, vous pouvez aussi l’utiliser pour le phage display, la modélisation ou la simulation d’assemblage de protéines par exemple. Il est également possible d’exporter de nombreuses données au format PNG ou JCAMP.

 

Extension pour chromium, brave ou vivaldi : https://chrome.google.com/webstore/detail/molview/nogcacamdkipgkfpfiakaoamdnihinnm?hl=fr

 

gabedit est une interface graphique aux différents logiciels de calcul dans le domaine de la chimie.

Gabedit est une interface graphique pour les logiciels de chimie quantique, qui en sont en général dépourvus. Ces programmes sont, par exemple, Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem.

Gabedit peut permettre de visualiser une grande variété de résultats issus de calculs quantiques et apporte une aide précieuse quand à la manipulation des différents formats de fichiers utilisés en chimie quantique.

Son constructeur de molécules (Molecule Builder) permet de rapidement dessiner une molécule et de l'examiner en 3D. Gabedit permet aussi d'éffectuer une recherche de conformations en utilisant un potentiel de type mécanique moléculaire ou semi-empirique. Il fournit également la possibilité d'exporter l'ensemble de ces données dans une large gamme de formats.

Gabedit peut créer des fichiers d'entrée pour Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem. Après création du fichier d'entrée, Gabedit peut lancer le calcul, en utilisant l'un des 9 logiciels cités ci-dessus, sur la machine locale (Windows, Linux, ou Unix) mais aussi sur une machine serveur (Cluster, centre de calcul, ...)

The current stable version of gabedit is 2.5.1

(update : July 27, 2021)

The source files for all systems(tar.gz file) : Download

(To compile Gabedit under Mac OS X see here)

Linux 64 binary files (OpenGL & Cairo ) : Download

The Gabedit installer for Windows (OpenGL & Cairo) : Download

 

Download PyMOL 2.5

Version 2.5.2 - Updated August 20th 2021 (Installation instructions)

Windows EXE Installer

Windows ZIP Archive

macOS DMG Disk Image

Linux TAR.BZ2 Archive

 

 

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

 

VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. (more details...)

Download VMD:

VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. Visit the VMD website for complete information and documentation.

 

Selecting an archive below will lead to a user registration and login page. Your download will continue after you have registered or logged in.

Version 1.9.4 LATEST ALPHA (2021-10-19) Platforms:

Latest pre-release ALPHA test version

• Source Code
• LINUX_64 (RHEL 7+) OpenGL, CUDA, OptiX RTX, OSPRay (Linux (RHEL 7+) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE/AVX+ with CUDA 10, OptiX6.5 RTX, OSPRay)
• LINUX_64 (RHEL 7+) OpenGL, CUDA, OptiX RTX, OSPRay, RTX RTRT (Linux (RHEL 7+) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE/AVX+ with CUDA 10, OptiX6.5 RTX, OSPRay, RTX RTRT)
• MacOS 11.x, ARM64 (64-bit "M1" Macs) (Apple MacOS-X 11 or later)
• MacOS 10.15, x86_64 (64-bit Intel x86_64) (Apple MacOS-X 10.15 or later)
• MacOS X OpenGL (32-bit Intel x86) (Apple MacOS-X (10.10.x to 10.13.x) with hardware OpenGL (native bundle))
• Windows 32-bit (32-bit Intel x86) (Windows 10)
• Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10)

A Free Comprehensive Chemical Drawing Package

https://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/index.php

ACD/ChemSketch Freeware is a drawing package that allows you to draw chemical structures including organics, organometallics, polymers, and Markush structures. It also includes features such as calculation of molecular properties (e.g., molecular weight, density, molar refractivity etc.), 2D and 3D structure cleaning and viewing, functionality for naming structures (fewer than 50 atoms and 3 rings), and prediction of logP. The freeware version of ChemSketch does not include all of the functionality of the commercial version. Visit ACD/ChemSketch to learn more about the commercial version.

 

ChemAxon https://chemaxon.com/products

ChemAxon est un logiciel permettant de représenter des structures chimiques. Ce logiciel a deux grandes fonctions, situées dans deux applications différentes. La première est appelée « Standardizer », et vous aidera à convertir vos structures chimiques en représentions 3D moléculaires. En plus des actions prédéfinies proposées par cette fonctionnalité, l’utilisateur est libre d’en ajouter de nouvelles par lui-même. L’autre fonction clé de ce logiciel est appelée « Structure Checker ». Elle offre la possibilité d’éditer et de modifier tout problèmes que vous pourriez avoir avec la structure moléculaire.  Ce logiciel propose des solutions automatiquement, une fois le problème repéré.

“Structure Checker” est très utile, permettant de trouver les données incorrectes, notamment lorsqu’une molécule est ajoutée dans l’espace de dessin.