Avogadro : https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/avogadro/1.2.0/
Dans le cadre de la TST2S, lorsqu’on parle de la liaison peptidique et des acides aminés.On peut utiliser Avogadro pour fabriquer des acides aminés.
Avogadro offre la possibilité dans le menu construction/insérer/peptides de fabriquer des acides aminés :
On peut choisir une association linéaire , en hélice …
Il faut sauvegarder aux formats mol ou xyz et mol2 pour les visualiser avec JMol ou avogadro.
Le rendu est plus visuel et classique sous JMol.
L’intérêt du format mol2, c’est qu’il montre les endroits des associations ( il y a une coupure).
Dans le format mol ou xyz, il y toutes les liaisons.
Visualisation sous JMol :http://sourceforge.net/projects/jmol/files/Jmol/Version%2012.0/Version%2012.0.49/Jmol-12.0.49-binary.zip/download
Pour supprimer la coupure de la liaison C- N dans le format mol2 , il faut ouvrir le fichier mol2 et remplacer après @<TRIPOS>BOND les am par des 1.
